Choć wiele jego wypowiedzi oscyluje wokół poglądów agnostycznych, powracają w jego tekstach wątki świadczące o przywiązaniu do wyniesionego z domu rodzinnego „duchowego fundamentu”, czy o tęsknocie za bliżej nieokreślonym Bytem doskonałym. 

W domu Mycielskich, gdzie niezwykłą wagę przywiązywano do wszechstronnego wychowania, proces starannego wykształcenia poprzedzało wpajanie szacunku do ojczyzny, wielowiekowej tradycji i obyczajów. Dbałość o kulturę ducha przejawiała się w kolekcjonowaniu literatury i dzieł plastycznych, otwarciu dworu w Wiśniowej na częste wizyty artystów, zaś w odniesieniu do najmłodszych – na rozbudzeniu w nich potrzeby obcowania ze sztuką. Wieczorami matka czytała dzieciom, obok dzieł Mickiewicza i Sienkiewicza, fragmenty Starego i Nowego Testamentu. Historie o stworzeniu świata i wygnaniu z raju tak wryły się w pamięć przyszłego kompozytora, że w późniejszym czasie wielokrotnie nosił się z zamiarem umuzycznienia Genesis. 

Mimo tak silnego fundamentu Mycielski coraz bardziej oddalał się od sformalizowanych obrzędów Kościoła katolickiego. W czasie II wojny światowej, podczas pobytu w stalagu, z poczucia wstydu, a może i bezradności, jako jedyny z trzech tysięcy współwięźniów (według innych zapisów jeden z dwóch współwięźniów) uczestniczył w mszy świętej odprawianej potajemnie przez Bretończyka, księdza Rio. Uczestnictwo w Eucharystii nie tylko nie umocniło go duchowo, ale też wywołało dramatyczne konstatacje: „niebo było nieczułe, milczące i zimne”, „cierpienia masowe nie zbliżają człowieka do Boga”. 

W pewnym momencie, w okresie tworzenia mszy, narrację dotyczącą osobistego stosunku do religii i wiary Mycielski rozświetlił krótkim stwierdzeniem: „Pan Bóg musi być!”  (Zygmunt Mycielski, Niby-dziennik ostatni 1981–1987, Iskry, Warszawa 2012, s. 316). Ów „osobisty” stosunek do religii znalazł swe odbicie w „osobistym” kształcie formalnym Liturgii, przejawiając się w świadomej rezygnacji z klasycznej postaci ordinarium. Jej miejsce zajęła sparafrazowana postać muzycznej mszy, gdzie w postaci kanonicznej pojawiają się jedynie teksty Kyrie, Sanctus i Agnus Dei. Gloria do cyklu Mycielskiego nie została włączona, zaś Credo kompozytor ograniczył do wybranych, niewielkich fragmentów odnoszących się do Trójcy Świętej. Ponadto, dodał do tej unikatowej kompilacji fragmenty z założenia recytowane: słowa określające Chrystusa wypowiedziane przez Jana Chrzciciela (Ecce Agnus Dei), modlitwę poprzedzającą przyjęcie Eucharystii, wyrażającą pokorę i szacunek, ufność i miłość (Domine, non sum dignus) oraz końcowe błogosławieństwo (Benedicat vos). 

Tak nietypowe ukształtowanie formalne mszy Mycielski niejako „załagodził” poprzez zakotwiczenie w tradycyjnych idiomach stylistycznych poznanych w czasie studiów pod kierunkiem Nadii Boulanger. W Liturgiae sacrae słychać bowiem zarówno cytaty ze średniowiecznych śpiewów monodycznych, jak i typowe dla pierwszych wielogłosowych nawarstwień na chorał gregoriański „twarde” współbrzmienia kwart i kwint, charakterystyczne dla Josquina eksperymenty z kolorystyką brzmieniową, struktury melodyczne przybierające postać interwałową kryptogramu muzycznego B-A-C-H, czy surowość brzmienia cechującą religijne kompozycje Strawińskiego. Elementy te niejako obiektywizuje indywidualny idiom Mycielskiego, szlachetny, łaciński, unikający XIX-wiecznego patosu, dobitnie ujawniający się w pokornym wyznaniu Panie, nie jestem godzien. Jak Setnik z Kafarnaum, z pełną pokorą, bez egzaltacji, niemal w ciszy, każe wykonawcom wyśpiewać słowa, o których rok wcześniej napisał: „Kilka starych zdań: «ale powiedz tylko słowo, a będzie zbawiona dusza moja», «oto wielka tajemnica», otwiera horyzonty, które nas przenoszą w inny niż ten świat, który zdaje się być” (Zygmunt Mycielski, Niby-dziennik ostatni…, op. cit., s. 180).