W obozie hitlerowskim Auschwitz zamordowany zostaje wuj Zygmunta Mycielskiego, ksiądz Włodzimierz Szembek.

W stalagu Mycielski komponuje Fiat voluntas tua na dwoje skrzypiec i fortepian lub organy. Utwór wykonywany jest przez obozowych muzyków.

3 maja wojska alianckie wyzwalają stalag w Himmelmoor, gdzie przebywał Mycielski. Brytyjscy żołnierze pomagają kompozytorowi przedostać się do Paryża. 

Kolejne miesiące Mycielski spędza we Francji. Komponuje Pięć szkiców symfonicznych.

5 listopada wraca do Polski. Zamieszkuje u matki w Krakowie.

W grudniu rozpoczyna współpracę z „Ruchem Muzycznym”. Wchodzi także w skład Rady Wydawniczej PWM.

Zostaje członkiem Związku Kompozytorów Polskich. Dołącza też do redakcji „Ruchu Muzycznego”, w której pozostanie do lutego 1948 roku. 

Komponuje cykl pieśni Ocalenie do słów Czesława Miłosza (ukończy go w 1948).

W sierpniu pisze do Antoniego Szałowskiego:

[…] jedyna mądra rzecz jaką zrobiłem to powrót tu – zresztą ani chwili nigdy się nie wahałem, tu jest robota, i wiedziałem, że będzie, już gdy przechodziłem 17 IX 39 granicę i wiedziałem do jakiej Polski wrócę [...] (2 VIII 1947, Zakład Rękopisów Biblioteka Narodowa).

Zostaje wiceprezesem oraz sekretarzem generalnym Związku Kompozytorów Polskich.

Lato spędza w Śledziejowicach pod Krakowem. Komponuje Portret Muzy do słów K.I. Gałczyńskiego. Kończy też Lamento di Tristano, dedykowane pamięci Karola Szymanowskiego. 

Latem komponuje Uwerturę śląską, która zostanie wykonana w Katowicach 1 stycznia 1949.

W listopadzie, podczas IV Walnego Zgromadzenia Związku Kompozytorów Polskich (20–22 XI), zostaje wybrany na stanowisko Prezesa. 14 grudnia notuje w dzienniku:

Prezesura Zw. Kompozytorów jest ciężka. Trzeba bronić już najprostszych rzeczy i tych ludzi, którzy nie zdają sobie sprawy co z nimi samymi się dzieje, jak ulegają, jak się boją.  (rękopis, Archiwum Zygmunta Mycielskiego, BN) 

W lutym wyjeżdża do Paryża jako przedstawiciel Komitetu Obchodów Roku Chopinowskiego.

W sierpniu jako urzędujący Prezes ZKP otwiera obrady Ogólnopolskiej Konferencji Kompozytorów i Krytyków Muzycznych w Łagowie Lubuskim (5–8 VIII). Wykonana podczas konferencji Uwertura śląska zostaje pozytywnie oceniona przez ministra Włodzimierza Sokorskiego.

W marcu składa dymisję ze stanowiska Prezesa ZKP. Nie chce dalej firmować polityki władz. W dzienniku zapisuje:

Muszę napisać list do Komitetu Centralnego, że nie mogę dłużej zostawać prezesem Związku Kompozytorów, bo nie mogę reprezentować linii, której przestaje być możliwe służyć z przekonaniem. Dotychczas był NEP kulturalny. Teraz rewolucja musi iść dalej. Trudno, żebym to robił w muzyce! (10 III 1950, „Dziennik 1950-1959", Warszawa 1999).

W marcu otrzymuje jednopokojowe mieszkanie w Warszawie, przy ul. S. Czarnieckiego 88/6 na Żoliborzu. 

We wrześniu jego Symfonia polska wykonana zostaje na koncercie inaugurującym I Festiwal Muzyki Polskiej. W grudniu Mycielski otrzymuje za ten utwór (pod tymczasowo zmienionym tytułem Obrazy symfoniczne) II nagrodę Festiwalu Muzyki Polskiej w kategorii utworów symfonicznych. 

21 października umiera w Krakowie jego matka, Maria Mycielska. Kilka dni później Mycielski pisze do Jarosława Iwaszkiewicza:

Urodzony i wychowany przez nią – ja! A przecie tak bardzo, właśnie tak! Zdaje się, że to jednak ten Jej element mnie jako tako utrzymywał w równowadze (25 X 1951, „Kamerton” 2014 nr 58).

Otrzymuje Państwową Nagrodę Muzyczną III stopnia za Symfonię polską.

27 września wyrusza w pięciotygodniową oficjalną wizytę kulturalną do Chin.

Otrzymuje Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski. Wśród nagrodzonych kompozytorów są także Grażyna Bacewicz i Witold Lutosławski.

Odbywa podróż do NRD.

W styczniu otrzymuje doroczną Nagrodę Związku Kompozytorów Polskich, za „pełną poświęcenia i energii pracę dla muzyki polskiej, za wieloletnią i ofiarną działalność organizacyjną na kolejnych stanowiskach w Prezydium Zarządu Głównego”.

Rozpoczyna pisanie Notatników muzycznych do „Przeglądu Kulturalnego”. 

Jego Uwertura śląska zostaje nagrodzona na II Festiwalu Muzyki Polskiej.

W październiku odbywa się pierwszy Międzynarodowy Festiwal Muzyki Współczesnej, nazwany później Warszawską Jesienią. W programie znalazła się Symfonia polska Mycielskiego.

Gościem honorowym festiwalu jest Nadia Boulanger, która otrzymuje godność członka honorowego Związku Kompozytorów Polskich.

Również w październiku władzę w KC PZPR  obejmuje Władysław Gomułka. Rozpoczyna się czas politycznej odwilży. 

Po raz pierwszy od 1949 roku Mycielski wyjeżdża do Francji. Spotyka się m.in. z Józefem Czapskim, Jerzym Giedroyciem, Andrzejem Panufnikiem. Pisze stamtąd słynne Listy z Zachodu.

Za swe felietony otrzymuje nagrodę „Przeglądu Kulturalnego”. 

Jesienią wchodzi w skład redakcji  pisma literackiego „Europa”, które ostatecznie nie zostaje dopuszczone do publikacji przez cenzurę.

Państwowy Instytut Wydawniczy publikuje wybór tekstów Mycielskiego z lat przed i powojennych – Ucieczki z pięciolinii.

Otrzymuje dwupokojowe mieszkanie przy ul. Rutkowskiego 10 m 31 (obecnie Chmielna). Zajmuje w nim jeden pokój, w drugim zamieszkuje przyjaciel i towarzysz życia kompozytora, Stanisław Kołodziejczyk. Obaj mieszkają tam do śmierci.

Pod koniec grudnia Mycielski wyjeżdża do Anglii, gdzie spędza czas do 19 lutego 1959. W Londynie poznaje Edwarda Raczyńskiego. Jedzie też do Edynburga, gdzie odwiedza Jana Tarnowskiego z Dzikowa, kuzyna i przyjaciela z lat przedwojennych.

Pod koniec października leci do Rzymu, skąd przez Ateny udaje się statkiem do Izraela. Po powrocie pisze relacje do „Przeglądu Kulturalnego”. 

Pisze sztukę Bogowie, która ukazuje się w grudniowym numerze pisma „Dialog”.

Otrzymuje propozycję objęcia stanowiska redaktora naczelnego „Ruchu Muzycznego”, który od 1960 roku ma wychodzić w Warszawie. W dzienniku notuje:

Dziś poszedłem pierwszy raz do naszej redakcji. Sytuacja nie jest najlepsza. Pierwszy numer już jest, ale, jak zwykle, nie taki, jaki by się chciało. Pismo wyrabia się w pierwszym roczniku, a i to dobrze, gdy tak jest. Ale tu trzeba zaraz. Czy możliwe jest atrakcyjne i popularne pismo muzyczne? Magazyn, worek, do którego wrzuca się wszystko? Pismo powinno przecie o coś walczyć, być ostre i niepopularne u jednych, a popierane przez innych. W przeciwnym razie jest nudne, najgorsza rzecz, jaką można o piśmie powiedzieć (w grudniu 1959, „Z dziennika prywatnego”, Archiwum Zygmunta  Mycielskiego, Biblioteka Narodowa).

W lutym ukazuje się pierwszy numer „Ruchu Muzycznego” z redakcją w Warszawie i Zygmuntem Mycielskim jako redaktorem naczelnym. 

W sierpniu Mycielski wyjeżdża do Stratfordu w Kanadzie, by wziąć udział w Międzynarodowej Konferencji Kompozytorów. 

II Symfonia otrzymuje najwyższą przyznaną nagrodę (mention spéciale) w kategorii dzieł symfonicznych na Konkursie Kompozytorskim im. Księcia Rainiera w Monako. Od następnego roku Mycielski wejdzie w skład jury tego wydarzenia. 

Polskie Wydawnictwo Muzyczne publikuje Notatki o muzyce i muzykach, okrojony przez cenzurę tom tekstów Mycielskiego publikowanych pod koniec lat 50. w „Przeglądzie Kulturalnym”.

Mycielski dołącza do jury Międzynarodowego Konkursu Kompozytorskiego w Monako. Odtąd co roku na wiosnę wyjeżdża do Francji i Monako, najczęściej odwiedzając także przyjaciół w Anglii i Szwajcarii.  

We wrześniu II Symfonia zostaje wykonana na festiwalu Warszawska Jesień. Przyjęcie utworu jest chłodne. Symfonię uznano za „wykalkulowaną matematycznie, chłodną, mózgową” (T. A. Zieliński, O polskiej muzyce na festiwalu dobrze i źle, „Ruch Muzyczny” 1962 nr 22).